Ittoqqortoormiit er placeret ved Kangersuttuaq (Scoresby Sund). Kangersuttuaq dækker med alle sine bifjorde et areal på omkring 38,000 km2 og er dermed verdens største fjordsystem. Terrænet omkring Ittoqqortoormiit er markant bjergrigt, og mange steder stiger fjeldene direkte fra kanten af fjorden. Staunings Alper når højder på næsten 2500 meter (Destination East Greenland).
Kangersuttuaq adskiller sig fra alle andre Østgrønlandske fjorde, da der er åbent vand ved mundingen hele året rundt. Området har særlig fysiske og biologiske vilkår, der gør at marine faunaen er særlig godt repræsenteret her (Destination East Greenland).
Nord for Ittoqqortoormiit ligger Grønlands Nationalpark, parken er verdens største nationalpark. Nationalparken har et rigt dyreliv og er et vigtigt område for internationale forskere. SIRIUS-patruljen opretholder Danmarks suverænitet i området og er de eneste fastboende i Nationalparken (Destination East Greenland).
Ittoqqortoormiit ligger geografisk isoleret fra resten af det beboede Grønland.
